Der FITKO als operativem Unterbau des IT-Planungsrates obliegt nicht nur die Wahrnehmung fachlicher Aufgaben, sondern auch die Koordinierung des IT-Planungsrates. Sitzungen müssen vorbereitet und der Informationsaustausch gemanagt werden.
Zehn Jahre lang war dafür die Geschäftsstelle des IT-Planungsrates, die beim Bundesministerium des Innern, für Bau und Heimat (BMI) eingerichtet war, zuständig. Im Rahmen der Bündelungsplanung ist die Geschäftsstelle zum 1. Juli 2020 offiziell in die FITKO übergegangen.